La SPT venne costituita il 23.2.1989 fra Comune di Como, Amministrazione Provinciale di Como e Consorzio Provinciale Trasporti (ora Consorzio Pubblici Trasporti) con il capitale iniziale di 300 milioni, successivamente aumentato fino a lire 19.838.250.000 in seguito al conferimento da parte dei Soci Comune e Consorzio delle rispettive aziende speciali A.C.T. (Azienda Comasca Trasporti) ed A.C.P.T. (Azienda Consortile Pubblici Trasporti): le due Aziende, operative rispettivamente dal 1.4.1974 e dal 9.1.1978, esercivano prevalentemente l'una il servizio urbano nella città di Como e l'altra il servizio extraurbano nella provincia ed i collegamenti con Monza, Bergamo, Sondrio e Lugano.SPT avvia la sua attività il 01 giugno 1991, raccogliendo un’eredità certamente positiva dal punto di vista della qualità del servizio e della solidità di impresa, fino a posizionarsi sul territorio in modo più funzionale alle esigenze della collettività, non solo del capoluogo ma anche di tutte le altre aree della Provincia.

Nell’aprile del 1998, in seguito alla ripartizione del patrimonio della precedente Provincia di Como, della compagine societaria è entrata a fare parte anche l’Amministrazione Provinciale di Lecco. Dal 1991 al dicembre 2002, gli investimenti effettuati da SPT sono stati di circa 12 miliardi per la parte immobiliare e di circa 30 miliardi (di cui 10 a carico della Regione Lombardia) per il parco autobus, cui si aggiungono lavori di sistemazione nei depositi di Cantù, Merate ed Uggiate Trevano ed acquisiti di compendi immobiliari in Appiano Gentile e Bellagio, oltre alla realizzazione di un unico deposito per la città di Como, nella piana di Lazzago, unificando le due strutture prima esistenti in via Valleggio e via Anzani, spostando circa 100 autobus in un’area che comporta minori disagi per la collettività; inoltre ha avuto luogo l’unificazione delle due sedi societarie (quelle di via Aldo Moro e di viale Innocenzo XI) con la costruzione del nuovo edificio in via Asiago a Tavernola comprendente uffici, officine, carrozzeria e magazzino ricambi.
Nonostante le difficoltà, la realtà risultante delineava la connotazione di Azienda significativa a livello regionale:

• per intensità (circa 12 milioni di chilometri percorsi annualmente dai 319 autobus adibiti al servizio pubblico);
• estensione dei servizi (i Comuni facenti parte dell'area interessata comportano una popolazione complessiva di oltre un milione di abitanti servita da una rete che sfiora i 1.500 chilometri);
• per grado occupazionale (580 dipendenti);
• per numero di viaggiatori (circa 25 milioni di viaggiatori), che, per meglio rispondere alla sfida dello svolgimento delle gare da parte della Regione, convogliava dal 1° Gennaio 2003 la gestione del trasporto pubblico di linea urbano ed extraurbano alla SPT LINEA srl, costituita il 22 febbraio 2002 e posseduta al 99%, cui venivano conferiti tutti gli autobus di linea urbana ed extraurbana.

SPT SpA ha mantenuto al proprio interno, oltre alla gestione di un patrimonio immobiliare, sviluppatosi negli anni per una oculata politica di acquisizioni, funzionali allo sviluppo del main business, e di ristrutturazioni di edifici ed aree dismesse e comunque messe a reddito con costruzioni di appartamenti e con la gestione di un autosilo da oltre quattrocento posti macchina.